O aplicativo pine tem um arquivo de configuração com o nome .pinerc localizado na raiz da sua conta. Uma versão padronizada deste arquivo é colocada lá pelo próprio pine, caso ainda não exista quando ele é rodado pela primeira vez. Depois disto você pode editar este arquivo à vontade para customizar o comportamento deste cliente de mail. Como é típico da filosofia do pine, o arquivo é auto-documentado, contendo exemplos comentados de quase tudo que você poderá querer fazer. Ele tem também um segundo arquivo de configuração chamado .addressbook, contendo nomes e endereços de seus correspondentes. Este arquivo é em geral mantido pelo próprio pine e você pode manipular seus conteúdos de dentro do pine, mas também é possível editar o arquivo diretamente se você preferir.
O comportamento do comando rlogin é afetado por um arquivo de configuração chamado .rhosts. Este arquivo deve ser mantido à mão por você e mais tarde veremos como fazer isto. Trata-se de um arquivo de caráter um pouco mais geral, que afeta o comportamento não só do comando rlogin mas também de outros comandos como o rsh, o rcp e até o ssh, dependendo de como este estiver configurado. O ssh tem um diretório de configuração chamado .ssh contendo vários arquivos de configuração e informações sobre hosts.